Josef Pembaur (né le 20 Avril 1875 à Innsbruck, mort le 12 Octobre 1950 à Munich) était un pianiste et compositeur autrichien.
Il était le fils de Joseph Pembaur l'Ancien. En 1893, il commence ses études avec Ludwig Thuille. À l'examen final en 1896, il a reçu une médaille d'or. Peu de temps après, il a pris un poste à l' Ecole Royale de Musique de Munich, où il devait s'installer plus tard. Jusqu'en 1921, il a obtenu, après d'autres études avec Alfred Auer, de voyager à Leipzig, pour effectuer de nombreuses tournées de concerts. A Berlin; Pembaur était l'un des juges de la compétition pour le Prix Ibach. En 1911 voit la publication de son travail Von der Poesie des Klavierspiels (De la poésie du piano).
Au printemps de 1919, il enregistre huit pièces pour piano pour le Reproduktionsklavier Welte-Mignon dont deux compositions de son père, probablement ses premiers enregistrements.
A partir de 1921 il a été professeur à l'Académie de Musique de Munich.
Son frère Karl Pembaur était un compositeur et chef de chœur à Dresde.
On lui doit de la musique de chambre (dont une sonate pour violon et piano en la majeur, 1928) et des Lieder.